在2002至10年及2014至20年,黃教授兩度擔任本院院長,憑藉他豐富的行政經驗和優秀的領導能力,書院各方面的發展都取得卓越成果。黃教授熱心推廣人文與科學教育,先後創立「余英時先生歷史講座」及「任國榮先生生命科學講座」,致力向同學和公眾普及知識。他亦注意到保存書院歷史的重要,並與市區重建局協商,促成於書院桂林街舊址興建紀念公園。在黃教授努力之下,書院籌募工作大有進展,不但增設了多項獎助學金,而擴建圓形廣場和興建第五所宿舍的經費亦得到支持。
黃教授十分重視新亞精神的當代傳承,任內大力推動書院的學長計劃,讓學長向年輕同學傳承職場與人生經驗,此外還組織各類校友重聚活動,維繫新亞人之間的感情。由於近年的疫情,黃教授明白同學們或要面對經濟和精神上的壓力,因而成立「疫下同行基金」和情緒支援熱線,對有需要的同學伸出援手。
黃教授一直積極貢獻香港與內地的科研和科學教育,現為中國科學院上海有機化學研究所滬港化學合成聯合實驗室管理委員會主任,並長年指導該實驗室的研究生。他亦為中大(深圳)理工學院擔任顧問,籌辦化學和物理課程,現為中大(深圳)校長學勤講座教授。黃教授在科研方面的榮譽包括中國國家自然科學二等獎(1997年)、香港裘槎基金會傑出研究獎(1999至2000年),並已獲選為中國科學院院士、發展中國家科學院院士及香港科學院院士。