為了落實香港中文大學（中大）與中山大學的合作計劃，黃達人校長率領中山大學代表團於十月二十一日到訪中大，與中大劉遵義校長及醫學院、工程學院、中醫中藥研究所、理學院、文學院代表見面。雙方就腫瘤學、中醫中藥、電腦科學、華南研究、學生活動等方面的合作進行討論，同意在目前的領域上，加強合作，包括增加人員交流、聯合建立實驗室或研究中心、開展區域性研究、聯合課程等。

香港中文大學（中大）與國家自然科學基金會化學科學部及生命科學部於10月27日至28日舉辦化學生物學學術研討會。這是繼去年生物資訊與應用學術研討會後，雙方第二次在香港合作舉辦學術研討會。

香港中文大學（中大）聯合書院2008至09年度「到訪傑出學人」中國科學院院士暨冰凍圈科學國家重點實驗室主任秦大河教授，於10月13日至19日訪問中大。

由上海科學技術開發交流中心和京港學術交流中心合辦的「08滬港科技創新與技術轉移交流會」，已於10月15至18日在上海舉行。代表團包括中央人民政府駐港聯絡辦公室教育科技部部長高級助理曹國英先生與中大四位學者，包括程伯中副校長和病毒學講座教授、中國科學院（中科院）院士孔祥復教授、電子工程系陳錦泰教授及電子工程系曾漢奇教授，及本地高校的學者。

東北師範大學（東北師大）副校長張紹傑教授於10月31日率領七人訪問團到訪香港中文大學（中大），與中大副校長廖柏偉教授、專業進修學院院長李仕權博士及相關系主任會面。

張教授十分支持與中大的學術交流活動，廖教授亦表示將與東北師大保持緊密的聯繫，希望兩校有更多交流和合作。

由國家教育部港澳臺事務辦公室與中央人民政府駐香港特別行政區聯絡辦公室教育科技部合辦的第十期內地高等教育管理工作研修班，於10月8日至15日在北京清華大學舉行。

香港中文大學與內地及台灣高等院校新簽署的協議如下：