日本研究學系於2014-15學年開辦日本研究哲學碩士博士銜接課程。此課程旨在鼓勵高水平的日本文化教學及研究的整合融和，修讀同學將利用跨學科研究方法促進日本研究；透過本課程，汲取所需理論知識及研究方法，從而對日本、日中及日港文化，作獨立及創新的學術研究。本課程繼承學系過往對日本歷史及日本近代史研究生的培訓經驗，培育同學融合所學技能並在有關學科及畢業論文上學以致用。

本課程的畢業生對日本有全面的認知及了解並在其中一門專科擁有專業知識，如日本人類學、日本流行文化、日本語言學、中日關係歷史、日港關係、日本思想史等。同學將運用所學知識及技能開展高水平的學術研究，撰寫獨立研究論文，為日本研究作貢獻。

本課程着重日本中國及日本香港在歷史及社會文化上的關係。第一批準博士生於2014年9月份入學。當中一名研究生已獲香港博士研究生獎學金計劃的資助。

日本研究學系為研究生提供良好的學習環境。研究生在海外參與學術會議或進行研究活動，可向學部申請經費資助。另比較日本學研究中心積極推動跨學科研究，並促進與頂尖日本研究機構的交流與溝通，為研究生開拓平台，探索研究機會。

一批來自日本研究學系的研究生，於2013年9月，參與於美國Binghamton University舉辦，以亞洲研究為專題之學術會議